Im Jahre 2004 erklärte die kroatische Regierung das gesamte kroatische Meeresgebiet zu einem ökologischen Schutzgebiet und einer kontrollierten Fischfangzone (kroat. „ekološki i ribolovni pojas“), um die vorhandene und empfindliche Meeresfauna und Vegetation zu schützen. Die Vorgehensweise wurde von Italien, Slowenien und auch der restlichen EU kritisiert, da mit dem Gesetz auch die Fischereirechte berührt werden.
Flora
Insgesamt 36,83 Prozent Kroatiens (2.082.702 ha) sind von Wäldern bedeckt.Etwa 95 Prozent des Waldbestandes sind weitgehend naturbelassene Mischwälder. Etwa 81 Prozent sind Staatswälder, 19 Prozent befinden sich in privatem Besitz. 85 Prozent der Waldfläche bilden Laubwälder, 15 Prozent entfallen auf Nadelwälder. In den Gebirgsregionen des Gorski Kotar, der Lika wachsen vorwiegend Nadelwälder, in der pannonischen Tiefebene vorwiegend Laubwälder. Entlang der kroatischen Küste wachsen vor allem mediterrane Hartlaubgehölze, Macchien, Pinien und Kiefernwälder. In den trockenen und heißen Sommermonaten kommt es durch unvorsichtiges Verhalten von Einheimischen und Touristen wiederholt zu Großbränden. So wütete vor wenigen Jahren auf der Insel Brač ein verheerendes Feuer. Die kroatische Regierung investiert daher jährlich zunehmend in Brandschutzmaßnahmen.
Fauna
Große Raubtiere wie Braunbären, Wölfe, Goldschakale und Luchse sind vor allem in den gebirgigen Regionen Kroatiens anzutreffen. Zu den vorkommenden Greifvögeln gehören Gänsegeier sowie Stein- und Schlangenadler. Große Vogelarten der Feuchtgebiete sind Sichler und viele Reiherarten. In der Küstenregion leben zahlreiche Reptilien wie Schildkröten (Land-, Sumpf- und Meeresschildkröten), Eidechsen, Geckos und Schlangen (Nattern, Ottern) geeigneten Lebensraum. Typische Bewohner der unterirdischen Höhlen der verkarsteten Gebiete sind Grottenolme.
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